Sfântul Mucenic Pafnutie era din Egipt şi s-a ostenit în pustie. În timpul persecuţiei împotriva creştinilor sub Diocleţian (284-305), guvernatorul Hadrian a poruncit ca Sfântul Pafnutie să fie adus la el. Ascetul, care nu a aşteptat să-l aducă cei trimişi, a apărut în faţa guvernatorului, şi a mărturisit credinţa în Hristos, ca urmare fiind supus chinurilor.
Soldaţii implicaţi în chinuirea sa, Dionisie şi Calimah, văzând cum puterea lui Dumnezeu l-a păzit pe mucenic, au crezut ei însuşi în Hristos Mântuitorul, fapt pentru care au fost apoi decapitaţi. Aruncat în închisoare în urma chinurilor, Sfântul Pafnutie a convertit patruzeci de întemniţaţi la credinţă. Toţi au fost arşi de vii.
După o vreme, Sfântul Pafnutie a fost eliberat, iar un creştin pe nume Nestorie l-a primit cu bucurie. El şi toată familia sa, după sfătuire duhovnicească, au devenit statornici în Credinţă şi, în cele din urmă, au suportat martiriul. Sfântul i-a întărit pe mulţi alţi creştini în mărturisirea Domnului nostru Iisus Hristos şi toţi s-au mutat la Domnul ca mucenici. Unii au fost tăiaţi cu săbii, alţii au fost arşi. În total au fost 546 de bărbaţi.
Sfântul Pafnutie însuşi a fost aruncat de chinuitori într-un râu, cu o piatră atârnată de gât, dar a plutit în mod minunat spre ţărm, cu tot cu piatra. În cele din urmă, l-au trimis pe Sfântul Mucenic împăratului Diocleţian însuşi, care a poruncit să fie răstignit pe un arbore de finic.
Sfântul Pafnutie al Alexandriei mai este cinstit şi pe 25 septembrie.